Loup rouge

Le loup rouge ( Canis rufus ) est un canidé originaire du sud-est des États-Unis . Sa taille est intermédiaire entre celle du coyote ( Canis latrans ) et celle du loup gris ( Canis lupus ).

Le statut taxonomique du loup rouge en tant qu'espèce distincte fait débat depuis près d'un siècle. Il est considéré soit comme une sous-espèce du loup gris ( Canis lupus rufus ) , soit comme un hybride loup -coyote (issu d'un croisement génétique entre le loup et le coyote). De ce fait, il est parfois exclu des listes d'espèces menacées, malgré son effectif extrêmement faible . En vertu de la loi de 1973 sur les espèces menacées d'extinction (Endangered Species Act) , le Service américain de la pêche et de la faune sauvage (US Fish and Wildlife Service) reconnaît le loup rouge comme une espèce menacée et lui accorde un statut de protection . Depuis 1996, l' UICN classe le loup rouge comme espèce en danger critique d'extinction ; toutefois, il ne figure pas dans les annexes de la CITES .

Le loup rouge était autrefois présent dans tout le sud-est et le centre-sud des États-Unis, de l'océan Atlantique au centre du Texas, au sud-est de l'Oklahoma et au sud-ouest de l'Illinois à l'ouest, et au nord, de la vallée de l'Ohio , du nord de la Pennsylvanie , du sud de l'État de New York et de l'extrême sud de l'Ontario au Canada jusqu'au golfe du Mexique . Au milieu du XXe siècle, il a failli disparaître en raison de programmes agressifs de contrôle des prédateurs, de la destruction de son habitat et d' une hybridation importante avec le coyote . À la fin des années 1960, il subsistait en petit nombre sur la côte du golfe du Mexique, à l'ouest de la Louisiane et à l'est du Texas .

Quatorze de ces survivants furent sélectionnés pour fonder une population élevée en captivité , établie au zoo et aquarium de Point Defiance entre 1974 et 1980. Après une réintroduction expérimentale réussie sur l' île de Bulls, au large des côtes de Caroline du Sud, en 1978, le loup rouge fut déclaré éteint à l'état sauvage en 1980 afin de permettre la mise en œuvre de programmes de restauration. En 1987, les animaux élevés en captivité furent relâchés dans la réserve faunique nationale d'Alligator River (ARNWR), sur la péninsule d'Albemarle en Caroline du Nord . Une seconde tentative de réintroduction, infructueuse, eut lieu deux ans plus tard dans le parc national des Great Smoky Mountains . Sur 63 loups rouges relâchés entre 1987 et 1994, la population a atteint 100 à 120 individus en 2012, mais en raison du manque de contrôle de la part du Service américain de la pêche et de la faune sauvage , elle a diminué pour atteindre 40 individus en 2018, environ 14 en 2019 et 8 en octobre 2021. Aucune portée sauvage n'est née entre 2019 et 2020.

Sous la pression des groupes de conservation, le Service américain de la pêche et de la faune sauvage a repris les réintroductions en 2021 et renforcé la protection. En 2022, la première portée sauvage est née depuis 2018. En 2023, on comptait entre 15 et 17 loups rouges sauvages dans la réserve faunique nationale de l'ARNWR.

L'apparence du loup rouge est typique du genre Canis . Sa taille est généralement intermédiaire entre celle du coyote et celle du loup gris, bien que certains spécimens puissent avoir une taille comparable à celle de petits loups gris. Une étude morphométrique du genre Canis menée dans l'est de la Caroline du Nord a révélé que le loup rouge se distingue morphométriquement du coyote et des hybrides. Les adultes mesurent de 136 à 165 cm de long, queue comprise (environ 37 cm). Leur poids varie de 20 à 39 kg, les mâles pesant en moyenne 29 kg et les femelles 25 kg. Son pelage est généralement plus roux et moins fourni que celui du coyote et du loup gris, bien que des individus mélaniques existent. Son pelage est généralement fauve à grisâtre, avec des marques claires autour des lèvres et des yeux. Le loup rouge a été comparé par certains auteurs au lévrier pour sa morphologie générale, en raison de ses membres relativement longs et fins. Ses oreilles sont également proportionnellement plus grandes que celles du coyote et du loup gris. Le crâne est typiquement étroit, avec un rostre long et fin , une petite boîte crânienne et une crête sagittale bien développée . Son cervelet est différent de celui des autres espèces de Canis , sa forme étant plus proche de celle des canidés des genres Vulpes et Urocyon , ce qui indique que le loup rouge est l'un des membres les plus plésiomorphes de son genre.

Le loup rouge est plus sociable que le coyote, mais moins que le loup gris. Il s'accouple en janvier-février et donne naissance en moyenne à 6 ou 7 louveteaux entre mars et mai. Il est monogame, les deux parents participant à l'élevage des petits. Les tanières comprennent des troncs d'arbres creux, les berges des cours d'eau et les terriers abandonnés par d'autres animaux. À l'âge de six semaines, les louveteaux quittent la tanière et atteignent leur taille adulte à un an, pour devenir sexuellement matures deux ans plus tard.

L’analyse de données à long terme sur des loups rouges de lignée connue a révélé que la consanguinité entre apparentés au premier degré était rare . Un mécanisme probable d’évitement de la consanguinité réside dans les trajectoires de dispersion indépendantes depuis la meute natale. De nombreux jeunes loups passent du temps seuls ou au sein de petites meutes non reproductrices composées d’individus non apparentés. L’union de deux individus non apparentés dans un nouveau territoire est le mode de formation prédominant des couples reproducteurs . La consanguinité est évitée car elle engendre une descendance à la valeur sélective réduite ( dépression de consanguinité ), principalement due à l’ expression homozygote d’allèles récessifs délétères

Avant son extinction à l'état sauvage, le loup rouge se nourrissait de lapins, de rongeurs et de ragondins (une espèce introduite). En revanche, les loups rouges de la population réintroduite consomment du cerf de Virginie , du sanglier , du raton laveur , du rat des rizières , du rat musqué , du ragondin, du lapin et des charognes . Le cerf de Virginie était quasiment absent du dernier refuge sauvage du loup rouge sur la côte du Golfe du Mexique, entre le Texas et la Louisiane (où des spécimens de la dernière population sauvage ont été capturés pour l'élevage en captivité), ce qui explique probablement la différence observée dans leurs habitudes alimentaires. Les récits historiques concernant les loups du Sud-Est, rédigés par des explorateurs comme William Hilton , qui a navigué le long du fleuve Cape Fear, dans l'actuelle Caroline du Nord, en 1644, mentionnent également qu'ils se nourrissaient de cerfs.

En Floride, les loups rouges peuvent être mangés par certains stades de croissance de serpents envahissants comme les pythons birmans , les pythons réticulés , les pythons de roche d'Afrique australe , les pythons de roche d'Afrique centrale , les boas constricteurs , les anacondas jaunes , les anacondas boliviens , les anacondas à taches sombres et les anacondas verts .

L’aire de répartition initialement reconnue du loup rouge s’étendait sur tout le sud-est des États-Unis, des côtes atlantique et du golfe du Mexique, au nord jusqu’à la vallée de l’Ohio et le centre de la Pennsylvanie, et à l’ouest jusqu’au centre du Texas et au sud-est du Missouri. Les recherches menées par Ronald Nowak sur des spécimens paléontologiques, archéologiques et historiques de loups rouges ont étendu leur aire de répartition connue aux terres situées au sud du fleuve Saint-Laurent au Canada, le long de la côte est, et à l’ouest jusqu’au Missouri et au centre de l’Illinois, pour se terminer aux latitudes méridionales du centre du Texas.

Compte tenu de leur vaste répartition historique, les loups rouges ont probablement fréquenté une grande variété d'habitats. La dernière population naturelle utilisait les marais côtiers, les marécages et les champs cultivés de riz et de coton. Cependant, cet environnement ne représente probablement pas l'habitat de prédilection du loup rouge. Certains indices montrent que l'espèce était la plus nombreuse dans les anciennes forêts alluviales et marécages du sud-est des États-Unis. Les loups rouges réintroduits dans le nord-est de la Caroline du Nord ont utilisé des habitats variés, allant des terres agricoles aux mosaïques de forêts et de zones humides caractérisées par une canopée de pins et un sous-bois d'arbustes à feuilles persistantes. Cela suggère que les loups rouges sont des espèces généralistes en matière d'habitat et peuvent prospérer dans la plupart des milieux où les populations de proies sont suffisantes et la persécution par l'homme faible.

En 1940, le biologiste Stanley P. Young constata que le loup rouge était encore commun dans l'est du Texas, où plus de 800 individus avaient été capturés en 1939 en raison de leurs attaques contre le bétail. Il ne pensait pas qu'il soit possible de l'exterminer, compte tenu de son habitude de vivre caché dans les fourrés. En 1962, une étude de la morphologie crânienne des chiens sauvages ( Canis) dans les États de l'Arkansas, de la Louisiane, de l'Oklahoma et du Texas indiqua que le loup rouge ne subsistait que dans quelques populations, du fait de l'hybridation avec le coyote. L'explication avancée était que soit le loup rouge ne pouvait s'adapter aux changements de son environnement dus à l'activité humaine et à l'afflux concomitant de coyotes concurrents venus de l'ouest, soit il était en train de disparaître par hybridation avec le coyote.

Depuis 1987, des loups rouges ont été réintroduits dans le nord-est de la Caroline du Nord, où ils parcourent 688 000 hectares . Ces terres s'étendent sur cinq comtés (Dare, Hyde, Tyrrell, Washington et Beaufort) et comprennent trois réserves nationales de faune sauvage, un champ de tir de l'US Air Force et des propriétés privées . Le programme de réintroduction du loup rouge est unique en son genre parmi les grands carnivores, car plus de la moitié des terres utilisées se trouvent sur des propriétés privées. Environ 275 000 hectares (2 800 km² ⁾ sont des terres fédérales et étatiques, et 405 000 hectares (4 050 km² ⁾ sont des propriétés privées.

À partir de 1991, des loups rouges ont été introduits dans le parc national des Great Smoky Mountains, dans l'est du Tennessee. Cependant, en raison de l'exposition à des maladies environnementales (parvovirus), à des parasites et à la compétition (avec les coyotes et l'agressivité intraspécifique), le loup rouge n'a pas réussi à établir une population sauvage viable dans le parc. La faible densité de proies constituait également un problème, obligeant les loups à quitter les limites du parc pour se nourrir à plus basse altitude. En 1998, le Service de la faune et de la flore sauvages des États-Unis (FWS) a retiré les derniers loups rouges du parc national des Great Smoky Mountains et les a transférés dans la réserve faunique nationale d'Alligator River, dans l'est de la Caroline du Nord. D'autres loups rouges ont été relâchés sur les îles côtières de Floride, du Mississippi et de Caroline du Sud dans le cadre du programme de gestion de l'élevage en captivité. L'île Saint-Vincent, en Floride, est actuellement le seul site insulaire de reproduction actif.

Après l'adoption de la loi sur les espèces menacées de 1973 , des efforts officiels, soutenus par le Service américain de la pêche et de la faune sauvage (USFWS), ont été entrepris pour sauver le loup rouge de l'extinction, avec la mise en place d'un programme d'élevage en captivité au zoo de Point Defiance, à Tacoma (Washington) . Quatre cents animaux ont été capturés dans le sud-ouest de la Louisiane et le sud-est du Texas entre 1973 et 1980 par l'USFWS.

Des mesures, des analyses de vocalisations et des radiographies du crâne ont permis de distinguer les loups rouges des coyotes et des hybrides loup rouge × coyote. Sur les 400 canidés capturés, seuls 43 étaient considérés comme des loups rouges et ont été envoyés au centre d'élevage. Les premières portées sont nées en captivité en mai 1977. Certains louveteaux se sont révélés être des hybrides ; ils ont donc été retirés du programme, ainsi que leurs parents. Parmi les 43 animaux initiaux, seuls 17 étaient considérés comme des loups rouges de race pure. Trois d'entre eux étant incapables de se reproduire, 14 sont devenus le cheptel reproducteur du programme d'élevage en captivité. Ces 14 individus étaient si étroitement apparentés qu'ils équivalaient génétiquement à seulement huit individus.

En 1996, le loup rouge a été classé par l' Union internationale pour la conservation de la nature comme une espèce en danger critique d'extinction .

Relâché en 1976 dans la réserve faunique nationale de Cape Romain

En décembre 1976, deux loups ont été relâchés sur l'île Bulls, dans la réserve faunique nationale de Cape Romain, en Caroline du Sud, afin de tester et d'affiner les méthodes de réintroduction. Leur lâcher n'avait pas pour but d'établir une population permanente sur l'île. La première translocation expérimentale a duré 11 jours, durant lesquels un couple de loups rouges a été suivi jour et nuit par télémétrie. Une seconde translocation expérimentale a été tentée en 1978 avec un autre couple, qui a pu rester sur l'île pendant près de neuf mois. Par la suite, un projet de plus grande envergure a été mis en œuvre en 1987 pour réintroduire une population permanente de loups rouges dans la réserve faunique nationale d'Alligator River (ARNWR), sur la côte est de la Caroline du Nord . Toujours en 1987, l'île Bulls est devenue le premier site de reproduction insulaire. Les louveteaux y ont été élevés puis transférés en Caroline du Nord jusqu'en 2005.

Relâché en 1986 dans la réserve faunique nationale d'Alligator River

En septembre 1987, quatre couples de loups rouges (mâle-femelle) ont été relâchés dans la réserve faunique nationale d'Alligator River, dans le nord-est de la Caroline du Nord, et désignés comme population expérimentale. Depuis, cette population expérimentale s'est développée et la zone de rétablissement s'est étendue pour inclure quatre réserves fauniques nationales, un champ de tir du département de la Défense, des terres appartenant à l'État et des terres privées, couvrant environ 1 700 000 acres (6 900 km² ⁾ .

Sortie en 1989 sur l'île Horn, Mississippi

En 1989, le deuxième projet de propagation insulaire a été lancé avec le lâcher d'une population sur l'île Horn, au large des côtes du Mississippi. Cette population a été retirée en 1998 en raison du risque de rencontres avec des humains. Le troisième projet de propagation insulaire a consisté à introduire une population sur l' île Saint-Vincent, en Floride , au large des côtes entre Cape San Blas et Apalachicola, en 1990. Enfin, en 1997, le quatrième programme de propagation insulaire a introduit une population sur l'île de Cape St. George , en Floride, au sud d'Apalachicola.

Sortie en 1991 dans les Great Smoky Mountains

En 1991, deux couples ont été réintroduits dans le parc national des Great Smoky Mountains , où le dernier loup rouge connu a été tué en 1905. Malgré quelques succès initiaux, les loups ont été relocalisés dans l'est de la Caroline du Nord en 1998, mettant ainsi fin aux efforts de réintroduction de l'espèce dans le parc.

Plus de 30 installations participent au Plan de survie de l’espèce du loup rouge et supervisent l’élevage et la réintroduction de plus de 150 loups.

En 2007, le USFWS estimait à 300 le nombre de loups rouges restants dans le monde, dont 207 en captivité. Fin 2020, la population sauvage avait chuté à seulement sept individus environ équipés d'un collier émetteur et une douzaine d'autres non, sans naissance de louveteaux sauvages depuis 2018. Ce déclin est lié à la chasse et à l'empoisonnement des loups par les propriétaires terriens, ainsi qu'à la suspension des efforts de conservation du USFWS.

Une analyse réalisée en 2019 par le Center for Biological Diversity sur l'habitat disponible dans l'ancien territoire du loup rouge a révélé que plus de 52 000 km² de terres publiques réparties sur cinq sites offraient un habitat viable pour une future réintroduction du loup rouge. Ces sites ont été sélectionnés en fonction de l'abondance des proies, de leur isolement par rapport aux coyotes et au développement humain, ainsi que de leur connectivité avec d'autres sites. Il s'agit notamment des forêts nationales d'Apalachicola et d'Osceola, du refuge national de faune sauvage d'Okefenokee et des terres protégées avoisinantes ; de nombreux parcs et forêts nationaux des Appalaches , dont les forêts nationales de Monongahela , George Washington & Jefferson , Cherokee , Pisgah , Nantahala , Chattahoochee et Talladega , ainsi que le parc national de Shenandoah et les basses altitudes du parc national des Great Smoky Mountains . La forêt nationale de Croatoan et la forêt de Hofmann sur la côte de la Caroline du Nord , et les forêts nationales d'Ozark , d'Ouatchita et de Mark Twain dans le centre des États-Unis .

Fin 2018, deux canidés à forte composante coyote ont été découverts sur l'île de Galveston , au Texas. Ils présentaient des allèles (expressions génétiques) de loup rouge, vestiges d'une population fantôme de loups rouges. Ces allèles provenant d'une population différente de celle des loups rouges du programme d'élevage en captivité de Caroline du Nord, il a été proposé de procéder à un croisement sélectif entre les coyotes de l'île de Galveston et la population de loups rouges en captivité. Une autre étude, publiée à peu près au même moment et portant sur l'analyse d'excréments et de poils de canidés dans le sud-ouest de la Louisiane, a mis en évidence des traces génétiques de loup rouge chez environ 55 % des canidés échantillonnés. Un individu présentait même entre 78 et 100 % d'ascendance de loup rouge, suggérant la présence possible de gènes de loup rouge supplémentaires à l'état sauvage, absents de la population en captivité.

De 2015 à 2019, aucun loup rouge n'a été relâché dans la nature. En mars 2020, le Service de la faune et de la flore sauvages de Floride (FWS) a relâché un nouveau couple reproducteur de loups rouges, dont un jeune mâle originaire de l'île Saint-Vincent, en Floride, dans la réserve faunique nationale d'Alligator River. Le couple n'a pas réussi à avoir de portée à l'état sauvage. Le 1er mars 2021, deux loups rouges mâles de Floride ont été accouplés à deux louves rouges sauvages de l'est de la Caroline du Nord et relâchés dans la nature. L'un des mâles a été tué par une voiture peu après sa remise en liberté. Les 30 avril et 1er mai, quatre loups rouges adultes ont été relâchés dans la nature et quatre louveteaux ont été recueillis par une louve rouge sauvage. Outre ces huit loups relâchés, la population totale de loups rouges vivant à l'état sauvage s'élève à près de trente individus, dont une douzaine ne portant pas de collier émetteur.

Une étude publiée en 2020 a rapporté que des pièges photographiques avaient enregistré « la présence d’un grand canidé possédant des caractéristiques semblables à celles du loup » dans le nord-est du Texas et que des échantillons de poils et des traces provenant de la région ont par la suite indiqué la présence de loups rouges.

À l'automne 2021, six loups rouges avaient été tués, dont les quatre adultes relâchés au printemps. Trois de ces adultes avaient péri dans des collisions avec des véhicules, deux étaient morts de causes inconnues, et le quatrième avait été abattu par un propriétaire terrien qui craignait que le loup ne s'attaque à ses poules. Ces pertes ont fait chuter la population de loups sauvages à une vingtaine d'individus. Durant l'hiver 2021-2022, le Service de la pêche et de la faune sauvage a sélectionné neuf loups rouges adultes élevés en captivité pour les relâcher dans la nature. Une famille de cinq loups a été relâchée dans la réserve faunique nationale de Pocosin Lakes , tandis que deux nouveaux couples reproducteurs ont été relâchés dans la réserve faunique nationale d'Alligator River. Grâce à ces réintroductions, le nombre de loups rouges sauvages dans l'est de la Caroline du Nord est passé sous la barre des 30 individus.

Le 22 avril 2022, un couple reproducteur de loups rouges adultes a donné naissance à une portée de six louveteaux, quatre femelles et deux mâles. Cette nouvelle portée était la première née à l'état sauvage depuis 2018. En 2023, on comptait entre 15 et 17 loups rouges sauvages dans la réserve faunique nationale d'Alligator River.

En avril et mai 2023, deux loups rouges mâles élevés en captivité ont été acclimatés à deux louves sauvages dans des enclos d'acclimatation, puis relâchés dans la nature. Au même moment, le couple reproducteur sauvage qui avait eu une portée l'année précédente a donné naissance à une seconde portée de cinq louveteaux (deux mâles et trois femelles). Un louveteau mâle issu d'une portée en captivité a été intégré à la meute, portant ainsi le nombre de loups rouges sauvages, baptisé « Meute Milltail » par le Service de la faune et de la flore sauvages du Canada (FWS), à treize individus. Ces six nouveaux-nés ont porté la population sauvage de loups rouges à 23-25 ​​individus.

En mai 2023, deux familles de loups rouges ont été placées dans des enclos d'acclimatation en vue de leur réintroduction dans la nature, au sein de la réserve nationale de faune sauvage de Pocosin Lakes, dans le comté de Tyrrell. Une famille était composée d'un couple reproducteur et de trois louveteaux, tandis que l'autre comprenait un couple reproducteur, une femelle d'un an et quatre jeunes louveteaux nés dans l'enclos d'acclimatation. Début juin 2023, les deux familles de loups rouges ont été relâchées dans la nature, où elles pouvaient désormais parcourir la réserve. Grâce à l'introduction de ces deux meutes, la population sauvage de loups rouges a atteint environ 35 individus. Outre cette population sauvage, on compte environ 270 loups rouges dans les zoos et les programmes d'élevage en captivité à travers les États-Unis.

L’hybridation avec le coyote est reconnue comme une menace pour la restauration du loup rouge. Des efforts de gestion adaptative portent leurs fruits et contribuent à réduire la menace que représentent les coyotes pour la population de loups rouges dans le nord-est de la Caroline du Nord. D’autres menaces, telles que la fragmentation de l’habitat, les maladies et la mortalité d’origine humaine, sont préoccupantes pour la restauration du loup rouge. Des pistes pour atténuer ces menaces sont actuellement explorées.

En 1999, l'introgression de gènes de coyote a été reconnue comme la plus grande menace pour le rétablissement du loup rouge sauvage et un plan de gestion adaptatif comprenant la stérilisation des coyotes a été couronné de succès, les gènes de coyote ayant été réduits en 2015 à moins de 4 % de la population de loups rouges sauvages.

Depuis la révision programmatique de 2014, le USFWS a cessé d'appliquer le plan de gestion adaptative du loup rouge, qui visait à prévenir l'hybridation du loup rouge avec le coyote et autorisait le lâcher de loups rouges nés en captivité dans la nature. Depuis lors, la population sauvage a diminué, passant de 100-115 loups rouges à moins de 30. Malgré la controverse concernant le statut du loup rouge en tant que taxon unique, ainsi que le désintérêt apparent du USFWS pour la conservation du loup à l'état sauvage, la grande majorité des commentaires du public (y compris ceux des résidents de Caroline du Nord) soumis au USFWS en 2017 au sujet de son nouveau plan de gestion du loup étaient favorables au plan de conservation initial pour la population sauvage.

Une étude génétique réalisée en 2016 sur les excréments de canidés a révélé que malgré la forte densité de coyotes à l'intérieur de la zone de population expérimentale du loup rouge (RWEPA), l'hybridation est rare (4 % sont des hybrides).

La forte mortalité des loups liée à des causes anthropiques semble être le principal facteur limitant la dispersion des loups vers l'ouest à partir de la RWEPA.

En 2012, le Southern Environmental Law Center a intenté une action en justice contre la Commission des ressources fauniques de Caroline du Nord, l'accusant de mettre en péril la population de loups rouges sauvages en autorisant la chasse nocturne aux coyotes dans la zone de restauration de cinq comtés de l'est de la Caroline du Nord. Un accord à l'amiable, approuvé par le tribunal en 2014, a interdit la chasse nocturne aux coyotes et a rendu obligatoire l'obtention d'un permis et la déclaration de toute chasse à ce type. En réponse à cet accord, la Commission des ressources fauniques de Caroline du Nord a adopté une résolution demandant au Service américain de la pêche et de la faune sauvage (USFWS) de retirer tous les loups rouges sauvages des terres privées, de mettre fin aux efforts de rétablissement et de déclarer l'espèce éteinte à l'état sauvage. Cette résolution faisait suite à une évaluation programmatique du programme de conservation du loup rouge menée en 2014 par le Wildlife Management Institute. Le Wildlife Management Institute a souligné que la réintroduction du loup rouge constituait une réussite remarquable. Le rapport indique que les loups rouges pourraient être relâchés et survivre à l'état sauvage, mais que leur abattage illégal menace la pérennité de la population. Le rapport précise que le USFWS doit actualiser son plan de rétablissement du loup rouge, évaluer en profondeur sa stratégie de prévention de l'hybridation avec le coyote et intensifier ses efforts de sensibilisation du public.

En 2014, le Service américain de la pêche et de la faune sauvage (USFWS) a délivré le premier permis de prélèvement d'un loup rouge à un propriétaire foncier privé. Depuis, l'USFWS a délivré plusieurs autres permis de prélèvement à des propriétaires fonciers dans la zone de restauration qui s'étend sur cinq comtés. En juin 2015, un propriétaire foncier a abattu une louve rouge après avoir obtenu un permis de prélèvement, provoquant un tollé général. En réaction, le Southern Environmental Law Center a intenté une action en justice contre l'USFWS pour violation de la loi sur les espèces menacées d'extinction.

En 2016, la population de loups rouges de Caroline du Nord avait diminué pour atteindre 45 à 60 individus. La principale cause de ce déclin était la chasse par arme à feu.

En juin 2018, le USFWS a annoncé une proposition visant à limiter l'aire de répartition des loups à la seule réserve faunique nationale d'Alligator River, où il ne reste qu'une trentaine d'individus, autorisant ainsi la chasse sur les terres privées. En novembre 2018, le juge en chef Terrence W. Boyle a conclu que le USFWS avait violé son mandat du Congrès de protéger le loup rouge et a statué que le USFWS n'avait pas le pouvoir d'accorder aux propriétaires fonciers le droit de les abattre.

Bien avant la colonisation européenne des Amériques , le loup rouge occupait une place importante dans les croyances spirituelles cherokee , où il est connu sous le nom de wa'ya (ᏩᏯ) et considéré comme le compagnon de Kana'ti, le chasseur et père du clan Aniwaya ou du Loup. Traditionnellement, les Cherokee évitent généralement de tuer les loups rouges, car un tel acte est censé attirer la vengeance des autres membres de la meute.

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  Affichage des variations de couleur
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  En hiver
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  Contraste des couleurs
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  Un loup rouge participant à un programme de reproduction. Il en reste moins de 100 à l'état sauvage.
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  Avec collier radio
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  Un loup rouge captif de l'Oklahoma (1944)

Le statut taxonomique du loup rouge est sujet à débat. Il a été décrit soit comme une espèce à lignée distincte , soit comme un hybride récent du loup gris et du coyote , soit comme un hybride ancien du loup gris et du coyote justifiant le statut d'espèce , soit encore comme une espèce distincte ayant subi une hybridation récente avec le coyote

Les naturalistes John James Audubon et John Bachman furent les premiers à suggérer que les loups du sud des États-Unis étaient différents de ceux des autres régions. En 1851, ils recensèrent le « Loup noir américain » sous le nom de *C. l. var. ater*, présent en Floride, en Caroline du Sud, en Caroline du Nord, au Kentucky, dans le sud de l'Indiana, le sud du Missouri, en Louisiane et dans le nord du Texas. Ils recensèrent également le « Loup roux du Texas » sous le nom de *C. l. var. rufus*, présent du nord de l'Arkansas, en passant par le Texas, jusqu'au Mexique. En 1912, le zoologiste Gerrit Smith Miller Jr. constata que la désignation *ater* n'était plus disponible et recensa ces loups sous le nom de *C. l. floridanus* .

En 1937, le zoologiste Edward Alphonso Goldman proposa une nouvelle espèce de loup, *Canis rufus* . Goldman reconnut initialement trois sous-espèces de loup rouge, dont deux sont aujourd'hui éteintes. Le loup noir de Floride ( *Canis rufus floridanus *) (du Maine à la Floride) s'est éteint en 1908 et le loup rouge du Texas ( *Canis rufus rufus *) (centre-sud des États-Unis) a été déclaré éteint en 1970. Dans les années 1970, le loup rouge de la vallée du Mississippi ( *Canis rufus gregoryi *) ne subsistait plus que dans les prairies côtières et les marais de l'extrême sud-est du Texas et du sud-ouest de la Louisiane. Ces individus furent prélevés dans la nature pour constituer un programme d'élevage en captivité et réintroduits dans l'est de la Caroline du Nord en 1987.

En 1967, les zoologistes Barbara Lawrence et William H. Bossert estimaient que la classification de *Canis rufus* comme espèce distincte reposait trop sur les petits loups roux du centre du Texas, où l'on savait qu'il existait une hybridation avec le coyote. Ils affirmaient que si un nombre suffisant de spécimens provenant de Floride avait été inclus, la distinction entre *Canis rufus* et *Canis lupus* aurait été improbable. Le Catalogue of Life, ouvrage de référence en taxonomie, classe le loup roux comme une sous-espèce de *Canis lupus* . Le mammalogiste W. Christopher Wozencraft, dans *Mammal Species of the World * (2005), considère le loup roux comme un hybride du loup gris et du coyote, mais, compte tenu de son statut incertain, le classer comme sous-espèce du loup gris * Canis lupus rufus* est une position délicate .

En 2021, l’ American Society of Mammalogists a considéré le loup rouge comme une espèce à part entière ( Canis rufus ).

Lorsque les premiers colons européens arrivèrent en Amérique du Nord, l'aire de répartition du coyote se limitait à la moitié ouest du continent. On le trouvait dans les zones arides et les plaines ouvertes, notamment dans les prairies des États du Midwest. Les premiers explorateurs en découvrirent quelques-uns dans l'Indiana et le Wisconsin. À partir du milieu du XIXe siècle, les coyotes commencèrent à étendre leur territoire au-delà de leur aire de répartition d'origine.

Le débat taxonomique concernant les loups d'Amérique du Nord peut être résumé comme suit :

Il existe deux modèles évolutifs prédominants pour le genre Canis en Amérique du Nord :

(i) un modèle à deux espèces

qui identifie les loups gris ( C. lupus ) et les coyotes ( de l'Ouest) ( Canis latrans ) comme des espèces distinctes qui ont donné naissance à divers hybrides, dont le loup boréal des Grands Lacs (également connu sous le nom de loup des Grands Lacs), le coyote de l'Est (également connu sous le nom de Coywolf / loup des broussailles / loup des tweeds), le loup rouge et le loup de l'Est (algonquin) ;

et

(ii) un modèle à trois espèces

qui identifie le loup gris , le coyote de l'Ouest et le loup de l'Est ( C. lycaon ) comme des espèces distinctes, où les loups des Grands Lacs et les loups boréaux sont le produit de l'hybridation loup gris × loup de l'Est, les coyotes de l'Est sont le résultat de l'hybridation loup de l'Est × coyote de l'Ouest, et les loups rouges sont considérés historiquement comme la même espèce que le loup de l'Est, bien que leur signature génétique contemporaine ait divergé en raison d'un goulot d'étranglement associé à l'élevage en captivité.

Le paléontologue Ronald M. Nowak note que les plus anciens restes fossiles de loup rouge datent de 10 000 ans et ont été découverts en Floride , près de Melbourne ( comté de Brevard) , de la rivière Withlacoochee ( comté de Citrus ) et de la grotte de Devil's Den ( comté de Levy) . Il note également que seuls quelques restes fossiles de loup gris, d'authenticité douteuse, ont été trouvés dans le sud-est des États-Unis. Il suggère qu'après l'extinction du loup sinistre , le coyote aurait été supplanté par le loup rouge dans le sud-est des États-Unis jusqu'au siècle dernier, lorsque la disparition du loup a permis au coyote d'étendre son territoire. Il propose également que l'ancêtre de tous les loups d'Amérique du Nord et d'Eurasie soit *Coyote mosbachensis* , qui vivait au Pléistocène moyen, il y a 700 000 à 300 000 ans.

*Canis mosbachensis* était un loup qui vivait autrefois dans toute l'Eurasie avant de s'éteindre. Plus petit que la plupart des populations de loups d'Amérique du Nord et que *Canis rufus* , il a été décrit comme ayant une taille similaire à celle du petit loup indien , *Canis lupus pallipes *. L'auteur propose également que *Canis mosbachensis* ait envahi l'Amérique du Nord où, isolé par la dernière glaciation, il aurait donné naissance à *Canis rufus *. En Eurasie, *Canis mosbachensis* aurait évolué en *Canis lupus* , qui a ensuite envahi l'Amérique du Nord.

Le paléontologue Xiaoming Wang , spécialiste de l' histoire naturelle du genre Canis , a examiné des fossiles de loups rouges, mais n'a pu déterminer s'il s'agissait ou non d'une espèce distincte. Il a indiqué que Nowak avait rassemblé plus de données morphométriques sur les loups rouges que quiconque, mais que son analyse statistique révélait un loup rouge difficile à classer. Wang suggère que l'étude de l'ADN ancien extrait des fossiles pourrait contribuer à trancher le débat. En 2009, Tedford, Wang et Taylor ont reclassé les fossiles présumés de loups rouges comme appartenant aux genres Canis armbrusteri et Canis edwardii .

En 1771, le naturaliste anglais Mark Catesby, évoquant la Floride et les Carolines, écrivait : « Les loups d’Amérique ressemblent à ceux d’Europe, par leur forme et leur couleur, mais sont un peu plus petits. » Il les décrivait comme plus timides et moins voraces. En 1791, le naturaliste américain William Bartram mentionnait dans son ouvrage *Travels* un loup rencontré en Floride, plus grand qu’un chien, mais noir, contrairement aux loups jaune-brun plus imposants de Pennsylvanie et du Canada. En 1851, les naturalistes John James Audubon et John Bachman décrivaient en détail le « Loup roux du Texas ». Ils notaient sa présence en Floride et dans d’autres États du Sud-Est, précisant qu’il différait des autres loups d’Amérique du Nord et le nommaient * Canis lupus rufus* . Ils le décrivaient comme ressemblant davantage au renard qu’au loup gris, tout en conservant le même tempérament « furtif, lâche, mais féroce ».

En 1905, le mammalogiste Vernon Bailey mentionna le « loup rouge du Texas » en utilisant pour la première fois le nom *Canis rufus* . En 1937, le zoologiste Edward Goldman entreprit une étude morphologique de spécimens de loups du sud-est des États-Unis. Il constata que leur crâne et leur dentition différaient de ceux des loups gris et se rapprochaient de ceux des coyotes. Il identifia tous les spécimens comme appartenant à une seule espèce qu'il nomma * Canis rufus* . Goldman examina ensuite un grand nombre de spécimens de loups du sud-est et identifia trois sous-espèces, notant que leur pelage variait du noir au gris en passant par le fauve cannelle.

Il est difficile de distinguer le loup rouge d'un hybride loup rouge × coyote. Dans les années 1960, deux études sur la morphologie crânienne de canidés sauvages du genre Canis dans le sud-est des États-Unis ont conclu à leur appartenance au loup rouge, au coyote, ou à de nombreuses variations entre les deux. La conclusion était qu'une hybridation massive récente avec le coyote s'était produite. En revanche, une autre étude de la morphologie du genre Canis , menée dans les années 1960 , a conclu que le loup rouge, le loup de l'Est et le chien domestique étaient plus proches du loup gris que du coyote, tout en restant clairement distincts les uns des autres. Cette étude considérait ces trois canidés comme des sous-espèces du loup gris. Cependant, elle notait que les spécimens de « loup rouge » prélevés à la limite de leur aire de répartition partagée avec le coyote ne pouvaient être attribués à aucune espèce en raison de la grande variation crânienne. L'étude proposait des recherches supplémentaires pour déterminer si une hybridation avait eu lieu.

En 1971, une étude des crânes de *C. rufus* , *C. lupus* et *C. latrans* a indiqué que *C. rufus* se distinguait par sa taille et sa forme, intermédiaires entre celles du loup gris et du coyote. Un nouvel examen de crânes de canidés conservés dans des musées du centre du Texas entre 1915 et 1918 a révélé des variations allant de *C. rufus* à *C. latrans* . Cette étude suggère qu'en 1930, en raison de la modification de l'habitat par l'homme, le loup rouge avait disparu de cette région et avait été remplacé par un essaim hybride . En 1969, cet essaim hybride migrait vers l'est, en direction de l'est du Texas et de la Louisiane.

À la fin du XIXe siècle, des éleveurs de moutons du comté de Kerr, au Texas , affirmaient que les coyotes de la région étaient plus grands que la normale et pensaient qu'il s'agissait d'un croisement entre le loup gris et le coyote. En 1970, le mammalogiste spécialiste du loup, L. David Mech, proposa que le loup rouge soit un hybride du loup gris et du coyote. Cependant, une étude de 1971 comparant le cervelet de six espèces de Canis révéla que celui du loup rouge, bien que plus proche de celui du loup gris, présentait des caractéristiques plus primitives que chez les autres espèces de Canis . En 2014, une étude morphométrique tridimensionnelle des espèces de Canis ne retint que six spécimens de loup rouge pour analyse, en raison de l'impact de l'hybridation sur les autres.

Différentes études d'ADN peuvent donner des résultats contradictoires en raison des échantillons sélectionnés, de la technologie utilisée et des hypothèses formulées par les chercheurs.

Les arbres phylogénétiques construits à partir de différents marqueurs génétiques ont donné des résultats contradictoires quant aux relations entre le loup, le chien et le coyote. Une étude basée sur les SNP (une mutation unique ) et une autre basée sur les séquences de gènes nucléaires (issues du noyau cellulaire ) ont montré que les chiens se regroupent avec les coyotes et sont séparés des loups. Une autre étude basée sur les SNP a montré que les loups se regroupent avec les coyotes et sont séparés des chiens . D'autres études, basées sur un certain nombre de marqueurs, aboutissent au résultat plus largement accepté selon lequel les loups se regroupent avec les chiens et sont séparés des coyotes Ces résultats démontrent qu'il convient d'interpréter avec prudence les résultats fournis par les marqueurs génétiques

En 1980, une étude utilisant l'électrophorèse sur gel a analysé des fragments d'ADN prélevés chez des chiens, des coyotes et des loups provenant de l'aire de répartition principale du loup rouge. Cette étude a révélé la présence d'un allèle unique (expression d'un gène ) associé à la lactate déshydrogénase chez le loup rouge, mais absent chez le chien et le coyote. Les résultats suggèrent que cet allèle persiste chez le loup rouge. L'étude n'a pas comparé la présence de cet allèle chez le loup gris.

L'ADN mitochondrial (ADNm) se transmet par la lignée maternelle et peut remonter à des milliers d'années. En 1991, une étude de l'ADNm du loup rouge a révélé que ses génotypes correspondaient à ceux connus du loup gris ou du coyote. Cette étude concluait que le loup rouge était soit un hybride loup × coyote, soit une espèce s'étant hybridée avec le loup et le coyote sur l'ensemble de son aire de répartition. Elle suggérait également que le loup rouge était une sous-espèce du loup gris, présente dans le sud-est des États-Unis, qui aurait subi une hybridation en raison de l'expansion de la population de coyotes ; toutefois, son caractère unique et le fait qu'il soit menacé justifiaient sa protection. Cette conclusion a alimenté le débat pendant le reste de la décennie.

En 2000, une étude portant sur le loup rouge et le loup de l'Est du Canada a confirmé que ces deux espèces s'hybrident facilement avec le coyote. L'étude a utilisé huit microsatellites (marqueurs génétiques prélevés sur l'ensemble du génome d'un spécimen). L'arbre phylogénétique obtenu à partir des séquences génétiques a montré que le loup rouge et le loup de l'Est du Canada formaient un groupe distinct. Ce groupe se rapprochait ensuite du coyote et s'éloignait du loup gris. Une analyse plus poussée, utilisant des séquences d'ADNmt, a indiqué la présence de gènes du coyote chez ces deux espèces de loups, et a suggéré que ces deux espèces avaient divergé du coyote il y a 150 000 à 300 000 ans. Aucune séquence de loup gris n'a été détectée dans les échantillons. L'étude suggère que ces résultats sont incompatibles avec l'hypothèse selon laquelle les deux loups seraient des sous-espèces du loup gris, que les loups rouges et les loups de l'est du Canada ont évolué en Amérique du Nord après avoir divergé du coyote, et qu'ils sont donc plus susceptibles de s'hybrider avec les coyotes.

En 2009, une étude menée sur les loups de l'est du Canada à l'aide de microsatellites, d'ADNmt et de marqueurs d'ADN-Y (transmis par le père) a révélé que le loup de l'est du Canada constituait un écotype unique du loup gris, ayant récemment subi une hybridation avec d'autres loups gris et des coyotes. Cette étude n'a apporté aucun élément corroborant les conclusions d'une étude antérieure menée en 2000 concernant le loup de l'est du Canada. Le loup rouge n'était pas inclus dans cette étude.

En 2011, une étude a comparé les séquences génétiques de 48 000 polymorphismes nucléotidiques simples ( mutations ) extraits des génomes de canidés du monde entier. Cette comparaison a indiqué que le loup rouge était composé à environ 76 % de coyote et à 24 % de loup gris, l’hybridation remontant à 287–430 ans. Le loup de l’Est était composé à 58 % de loup gris et à 42 % de coyote, l’hybridation remontant à 546–963 ans. L’étude a rejeté la théorie d’une origine commune pour les loups rouge et de l’Est. Cependant, l’année suivante, une étude portant sur un sous -ensemble des données de polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) de l’étude de 2011 a suggéré que sa méthodologie avait biaisé les résultats et que les loups rouge et de l’Est ne sont pas des hybrides, mais constituent en réalité une seule et même espèce, distincte du loup gris. L’étude de 2012 propose l’existence de trois véritables espèces de Canis en Amérique du Nord : le loup gris, le coyote de l’Ouest et le loup rouge/loup de l’Est. Le loup de l’Est est représenté par le loup algonquin. Le loup des Grands Lacs serait un hybride du loup de l’Est et du loup gris. Enfin, l’étude révèle que le coyote de l’Est est lui-même un hybride du coyote de l’Ouest et du loup de l’Est (algonquin) (pour en savoir plus sur les hybrides loup-coyote de l’Est de l’Amérique du Nord, voir coywolf ).

Toujours en 2011, une analyse de la littérature scientifique a été menée afin d'évaluer la taxonomie des loups d'Amérique du Nord. L'une des conclusions proposées était que le loup de l'Est est considéré comme une espèce distincte, sur la base de données morphologiques et génétiques. Les données génétiques confirment une parenté étroite entre le loup de l'Est et le loup rouge, mais insuffisante pour les considérer comme une seule et même espèce. Il est « probable » qu'il s'agisse de descendants distincts d'un ancêtre commun avec les coyotes. Cette analyse a été publiée en 2012. En 2014, le Centre national d'analyse et de synthèse écologiques ( NCESA) a été invité par le Service américain de la pêche et de la faune sauvage (USFWS) à réaliser une évaluation indépendante de son projet de réglementation concernant le loup gris. Les conclusions du groupe d'experts du NCESA ont été que le projet de réglementation reposait fortement sur une seule analyse issue d'une revue de la littérature scientifique réalisée par Chambers et al . (2011), que cette étude n'était pas universellement acceptée, que la question n'était pas tranchée et que la réglementation ne reflétait pas les « meilleures données scientifiques disponibles ».

Brzeski et al . (2016) ont réalisé une analyse d'ADNmt de trois échantillons anciens (300 à 1 900 ans) ressemblant à des loups, provenant du sud-est des États-Unis. Ils ont constaté qu'ils appartenaient au clade du coyote, bien que leurs dents soient de type lupin. L'étude suggère que ces spécimens étaient soit des coyotes (ce qui impliquerait une occupation continue et non intermittente de la région par ces animaux), soit une lignée de loup rouge nord-américaine apparentée au coyote, soit un ancien hybride coyote-loup. Une hybridation ancienne entre loups et coyotes serait probablement due à des événements naturels ou à des activités humaines anciennes, et non à des changements paysagers liés à la colonisation européenne, compte tenu de l'âge de ces échantillons. Les hybrides coyote-loup ont peut-être occupé le sud-est des États-Unis pendant une longue période, occupant une niche écologique importante en tant que prédateur de taille moyenne à grande.

En juillet 2016, une étude d'ADN génomique complète a proposé, sur la base des hypothèses formulées, que tous les loups et coyotes d'Amérique du Nord ont divergé d'un ancêtre commun il y a moins de 6 000 à 117 000 ans. L'étude a également indiqué que tous les loups d'Amérique du Nord possèdent une part significative d'ascendance coyote et que tous les coyotes possèdent, dans une certaine mesure, une ascendance loup. De plus, le loup rouge et le loup de la région des Grands Lacs sont fortement métissés , avec des proportions variables d'ascendance loup gris et coyote. Un test a indiqué une divergence entre le loup et le coyote il y a 51 000 ans, ce qui concorde avec d'autres études suggérant que le loup actuel est apparu à cette époque. Un autre test a indiqué que le loup rouge a divergé du coyote entre 55 000 et 117 000 ans, et le loup de la région des Grands Lacs il y a 32 000 ans. D'autres tests et modélisations ont révélé différentes fourchettes de divergence, aboutissant à une conclusion : entre moins de 6 000 et 117 000 ans avant le présent. L'étude a constaté que l'ascendance du coyote était la plus élevée chez les loups rouges du sud-est des États-Unis et la plus faible chez ceux de la région des Grands Lacs.

La théorie proposée suggérait que ce schéma correspondait à la disparition du loup du sud vers le nord, due à la colonisation européenne et à la perte d'habitat qui en a résulté. Les primes offertes pour sa capture ont conduit à l'extermination du loup, initialement dans le sud-est, et à mesure que la population de loups diminuait, le métissage loup-coyote augmentait. Plus tard, ce processus s'est produit dans la région des Grands Lacs, avec l'arrivée massive de coyotes remplaçant les loups, suivie de l'expansion des coyotes et de leurs hybrides dans une région plus vaste. Le loup rouge pourrait posséder certains éléments génomiques propres aux lignées du loup gris et du coyote du sud des États-Unis. La chronologie proposée pour la divergence loup/coyote est contredite par la découverte d'un spécimen ressemblant à un coyote dans des strates datées d'un million d'années avant le présent, et par des spécimens fossiles de loup rouge datant de 10 000 ans. L’étude conclut en déclarant qu’en raison de la disparition des loups gris dans le sud-est américain, « la population réintroduite de loups rouges dans l’est de la Caroline du Nord est vouée à un sillage génétique par les coyotes sans la gestion extensive des hybrides, telle qu’elle est actuellement pratiquée par l’USFWS ».

En septembre 2016, l’USFWS a annoncé un programme de modifications du programme de rétablissement du loup rouge et « entreprendra la mise en œuvre d’une série de mesures fondées sur les données scientifiques les plus récentes et les plus fiables ». Le service sécurisera la population captive, jugée non viable, déterminera de nouveaux sites pour des populations sauvages expérimentales supplémentaires, révisera l’application de la réglementation existante relative aux populations expérimentales en Caroline du Nord et réalisera une évaluation complète de l’état de l’espèce.

En 2017, un groupe de chercheurs spécialistes des canidés a contesté la récente découverte selon laquelle le loup rouge et le loup de l'Est seraient issus d'une hybridation récente entre le coyote et le loup. Ce groupe souligne qu'aucune analyse n'avait été effectuée pour déterminer la période d'hybridation et que, d'après les données de l'étude précédente, cette hybridation ne pouvait être récente, mais suggérait plutôt une hybridation beaucoup plus ancienne. Le groupe a relevé des lacunes dans la sélection des spécimens et dans les conclusions tirées de l'étude précédente, en raison des différentes techniques utilisées. Par conséquent, ce groupe soutient que le loup rouge et le loup de l'Est demeurent des taxons nord-américains génétiquement distincts. Cette affirmation a été réfutée par les auteurs de l'étude précédente. Une autre étude, menée fin 2018 sur des canidés sauvages du sud-ouest de la Louisiane, a également confirmé le statut d'espèce distincte du loup rouge, en mettant en évidence la présence d'ADN de loup rouge spécifique chez les canidés hybrides.

En 2019, les Académies nationales des sciences, de l'ingénierie et de la médecine ont mené une analyse bibliographique des études antérieures . Selon ces Académies, le loup rouge historique constitue une espèce taxonomique valide, le loup rouge moderne est distinct des loups et des coyotes, et les loups rouges modernes descendent en partie des loups rouges historiques. L'espèce *Canis rufus* est retenue pour le loup rouge moderne, à moins que des données génomiques issues de spécimens de loups rouges historiques ne modifient cette évaluation, en raison d'une absence de continuité entre les loups rouges historiques et modernes.

Genetic studies relating to wolves or dogs have inferred phylogenetic relationships based on the only reference genome available, that of the Boxer dog. In 2017, the first reference genome of the wolf Canis lupus lupus was mapped to aid future research. In 2018, a study looked at the genomic structure and admixture of North American wolves, wolf-like canids, and coyotes using specimens from across their entire range that mapped the largest dataset of nuclear genome sequences against the wolf reference genome. The study supports the findings of previous studies that North American gray wolves and wolf-like canids were the result of complex gray wolf and coyote mixing. A polar wolf from Greenland and a coyote from Mexico represented the purest specimens. The coyotes from Alaska, California, Alabama, and Quebec show almost no wolf ancestry. Coyotes from Missouri, Illinois, and Florida exhibit 5–10% wolf ancestry. There was 40%:60% wolf to coyote ancestry in red wolves, 60%:40% in Eastern timber wolves, and 75%:25% in the Great Lakes wolves. There was 10% coyote ancestry in Mexican wolves and Atlantic Coast wolves, 5% in Pacific Coast and Yellowstone wolves, and less than 3% in Canadian archipelago wolves.

The study shows that the genomic ancestry of red, eastern timber and Great Lakes wolves were the result of admixture between modern gray wolves and modern coyotes. This was then followed by development into local populations. Individuals within each group showed consistent levels of coyote to wolf inheritance, indicating that this was the result of relatively ancient admixture. The eastern timber wolf (Algonquin Provincial Park) is genetically closely related to the Great Lakes wolf (Minnesota, Isle Royale National Park). If a third canid had been involved in the admixture of the North American wolf-like canids, then its genetic signature would have been found in coyotes and wolves, which it has not.

Gray wolves suffered a species-wide population bottleneck (reduction) approximately 25,000 YBP during the Last Glacial Maximum. This was followed by a single population of modern wolves expanding out of a Beringia refuge to repopulate the wolf's former range, replacing the remaining Late Pleistocene wolf populations across Eurasia and North America as they did so. This implies that if the coyote and red wolf were derived from this invasion, their histories date only tens of thousands and not hundreds of thousands of years ago, which is consistent with other studies.

La loi sur les espèces menacées d’extinction protège les espèces en voie de disparition, mais pas les individus hybrides menacés, même s’ils constituent des réservoirs de variations génétiques disparues. Les chercheurs des deux camps du débat sur le loup rouge soutiennent que les canidés hybrides méritent une protection totale en vertu de cette loi.

En 2020, une étude a procédé au séquençage de l'ADN de canidés dans le sud-est des États-Unis afin de détecter la présence d'ascendance de loup rouge. Cette étude a révélé la présence d'ascendance de loup rouge chez les populations de coyotes du sud-ouest de la Louisiane et du sud-est du Texas, ainsi que, plus récemment, en Caroline du Nord. L'ascendance de loup rouge de ces populations présente des allèles uniques, absents de la population actuelle de loups rouges en captivité. L'étude suggère que les coyotes, en expansion, se sont croisés avec les loups rouges pour acquérir du matériel génétique adapté à l'environnement du sud-est et favoriser leur adaptation, et que les loups rouges survivants se sont croisés avec les coyotes en raison de la consanguinité dont ils souffraient.

En 2021, une étude a procédé au séquençage de l'ADN de canidés dans la zone d'hybridation résiduelle du loup rouge, située au sud-ouest de la Louisiane et au sud-est du Texas. Cette étude a révélé la présence d'ascendance de loup rouge dans le génome des coyotes, dont la proportion augmente jusqu'à 60 % en direction de l'ouest. Ce phénomène serait dû à une introgression génétique à partir de la population résiduelle de loups rouges au cours des 100 dernières années. L'étude suggère que les coyotes ont colonisé la région du golfe du Mexique et se sont hybridés avec les loups rouges avant que ces derniers ne disparaissent à l'état sauvage, victimes de la perte d'habitat et de la persécution. Au cours des deux dernières décennies, la zone d'hybridation s'est étendue. L'étude a présenté des preuves génétiques démontrant que le loup rouge constitue une espèce distincte, en se basant sur la structure d'un locus de son chromosome X , reconnu comme marqueur d'espèces distinctes. De ce fait, l'étude suggère que l'ascendance de loup rouge introgressée pourrait être réintrogressée afin de servir de base à la reproduction de loups rouges issus de ces hybrides.

En 2021, une étude des génomes mitochondriaux d'individus datant d'avant le XXe siècle a révélé que le loup rouge était présent dans toute l'Amérique du Nord. Avec l'arrivée du loup gris il y a entre 80 000 et 60 000 ans, l'aire de répartition du loup rouge s'est réduite aux forêts de l'est et à la Californie, tandis que le coyote l'a remplacé au centre du continent il y a entre 60 000 et 30 000 ans. Le coyote a ensuite colonisé la Californie au début de l' Holocène , il y a 12 000 à 10 000 ans, et s'est hybridé avec le loup rouge, le remplaçant phénotypiquement. Cette étude suggère que le loup rouge pourrait être antérieur au coyote en Amérique du Nord.

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